בית דפנה נבנה כפעוטון בראשית שנות ה-70. הפעוטים הראשונים שעברו אליו היו: אורן, תרצה, ברק ודותן. במהלך שנות ה-90 הוסב ל'מרכז טיפולי': קוסמטיקה (חנה קרן), שיאצו (רבקה'לה) ורפלקסולוגיה (חבצלת).
משנת 2011 משמש כארכיון.